Микробиологичните анализи на храните могат условно да будат раделени на две големи групи – анализи за определяне на хигиенно качество и показатели за определяне безопастност на храните.

Безопастност на храните

• Salmonella spp.
• Listeria monocytogenes
• Стафилококов ентеротоксин
• Enterobacter Sakazakii

Хигиенно качество

• Общ брой микроорганизми
• Млечно-кисели бактерии
• Колиформи
• Плесени и дрожди
• Enterobacteriaceae
• E.coli
• B. cereus
• B. mesentericus
• Cl. perfringens
• Pseudomonas spp.
• Campylobacter spp.
• Термофилни аеробни и анаеробни микроорганизми в консерви

Акредитирани групи

• 1. Месо и месни продукти и животински мазнини
• 2. Мляко и млечни продукти, стартерни култури
• 3. Риба и рибни продукти
• 4. Яйца и яйчни продукти
• 5. Мед и пчелни продукти
• 6. Храни от растителен произход. Хляб и хлебни продукти, зърнени култури, брашна и масла от растителен произход, ядки и маслодайни семена, подправки, чай, кафе.
• 7. Води за питейно-битови цели, отпадъчни води, за плувни басейни
• 8. Фуражи и фуражни компоненти
• 9. Материали от животни – кръвен серум, мляко, вътрешни органи и фекални проби
• 10. Смивове и отривки от повърхности
• 11. Захарни изделия
• 12. Консерви
• 13. Продукти от преработени плодове, зеленчуци и месо/ готвени ястия
• 14. Безалкохолни напитки, сокове и боза
• 15. Плодове, зеленчуци и продукти от тях